Dans votre cPanel, allez à la section Fichiers puis Confidentialité du répertoire.

Pour sécuriser un des répertoires que vous voyez, cliquez sur le nom du dossier

Pour sécuriser un sous-répertoire, il faut naviguer dans les sous-répertoires : vous devez cliquer sur l'icône à gauche du nom du dossier pour descendre d'un cran dans l'arborescence... et cliquez sur le nom du dossier qu vous souhaitez sécuriser...
1. Cliquez 'Protéger ce répertoire par mot de passe.' + donner un nom et enregistrer.
2. Créez un utilisateur avec login + mot de passe et sauvegardez (vérifiez de nouveau ensuite pour constater si le dossier est bien coché comme sécurisé)

Patientez au moins 2-3 minutes une fois configuré afin que le serveur prenne en compte cette sécurité...